「仕訳データ転送」の画面に明細が表示されている場合は、転送済みチェックの有無にかかわらず、会計ソフト側に転送されます。転送済みにチェックが入っている明細を転送したくない場合は、「条件設定」で「転送方式」を「未転送」にし、転送されていない明細分のみを表示した状態で転送します。
ご回答ありがとうございます。今後の参考にさせていただきます。