こちらの警告メッセージが出た場合、2パターンに分けて対処方法を紹介します。

【変更前、変更後の請求先の「締日・回収日」「消費税端数・金額端数」「消費税計算」が変わらない場合】
特に注意は必要なく、「はい」で進み、このまま登録してください。

【変更前、変更後の請求先の「締日・回収日」「消費税端数・金額端数」「消費税計算」が変わる場合】
売上伝票の金額や帳票の集計において以下の注意点があります。
請求先変更をしただけでは、売上伝票の端数や消費税計算は、変更前の請求先の設定が適用されたままとなります。
そのため、変更後の請求先の設定（締日、端数、消費税計算等）に修正したい場合は「伝票データの整合機能」を行う必要があります。

【伝票データの整合機能の実施方法】
「ファイル(F)」-「管理者機能」-「伝票データの整合機能」を開き、以下の通り設定します。
　区分選択：「売上伝票」
　請求先：「変更後の請求先」を選択
　対象年月：「変更後の請求先の設定を適用させたい伝票の期間」を選択
最後に「実行」ボタンをクリックすると処理が行われます。

なお、誤って処理を実施した際に、データを元に戻せるように、事前にバックアップを取ってから実施することをお勧めします。