こちらのメッセージは、「変更後の消費税計算、締日、消費税端数が適用されるのはこれから入力するデータのみとなるため、既に登録している仕入や売上にも変更後の消費税計算、締日、消費税端数を適用させたい場合、整合処理を行って再計算させる必要があります。」という内容です。
そのまま「OK」をクリックして問題ありません。

既に登録している明細の消費税も変更したい場合は、「ファイル」ー「伝票データの整合処理」で、「区分選択」で「仕入伝票」または「売上伝票」を選択し、「業者」あるいは「発注者」と、「対象年月」を指定して、「実行」ボタンをクリックします。
なお、誤って処理を実施した場合、データを元に戻せるように、事前にバックアップを取ってから実施することをお勧めします。