伝票を削除することは可能です。
「支払伝票入力」でサブツールバーの「支払検索(①)」から、削除したい伝票の条件を選択し、表示させます。該当の伝票を選択(②)し、引用(③)後、削除(④)します。

支払伝票転送で作成された伝票を削除しようとすると、確認メッセージが出てきますが、処理を進めて良い場合は、「はい」を選択します。