「業者登録」-「消費税計算」の設定によって計算方法が異なります。
①明細単位
仕入の1明細(1行)ごとに個別に消費税の計算を行う
②締日単位
業者の締日の仕入合計額に対して消費税の計算を行う
③伝票単位
仕入伝票の1伝票の仕入合計額に対して消費税の計算を行う

インボイスに対応した仕入明細書について、月に一度仕入明細書を発行するのであれば②締日単位を、伝票ごとに仕入明細書を発行するのであれば③伝票単位を、選択してください。