要素内訳は１つで問題ございません。
＜仕入＞
「要素内訳一覧登録」-「原価要素内訳」タブに「税区分」と「控除80％」の税区分項目があります。「税区分」には控除100％、「控除80%」には控除80%の税区分コードを設定します。
仕訳データ転送時に、仕入伝票入力の税額控除率に応じた税区分を表示し、会計ソフトへ転送します。

＜支払＞
「要素内訳一覧登録」-「支払内訳」タブに「税区分」と「控除80％」の税区分項目があります。「税区分」には控除100％、「控除80%」には控除80%の税区分コードを設定し、次に「仕入税額控除」を「する(業者)」に設定します。
そうすることで、仕訳データ転送時に、支払伝票の業者の事業者区分に応じた税額控除率と税区分を表示し、会計ソフトへ転送します。