仕入伝票を汎用データ受入で受け入れる場合、 CSV追加ファイルのBI列の税額控除コードを空欄すると、伝票日付と業者登録の事業者区分によって控除100%か控除80%か自動的に判断されて伝票登録されますか？

お困りのことは何ですか？

インボイス

その通りです。
BI列の税額控除コードを空欄、伝票日付：2023/10/1以降の場合は、業者登録の事業者区分によって、適格事業者なら100%、免税事業者なら80%で取り込まれます。
伝票日付が2023/9/30までの伝票は業者登録の事業者区分に関係なく控除100%になります。

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