「原価配賦処理」にて計算後、配賦先に含めない工事の明細の「選択」チェックを外して登録をしてください。チェックを外した工事に配賦されていた分は、自動で他の工事に割振ることができます。
ご回答ありがとうございます。今後の参考にさせていただきます。