請求書の控を出力しない方法は、2つございます。
1つ目は、出力画面の「条件設定」から「控印刷」を「出力しない」にしていただくことで、出力されないように設定できます。

2つ目は、Excel書式を編集で立ち上げていただき、請求書控のシート名を変更していただくことで出力されないようになります。